La Etnobotánica es la ciencia que estudia la relación de las plantas y la cultura. El hombre desde sus orígenes interacciona con el medio usando los vegetales que tiene en su entorno. Estos materiales de origen vegetal han sido habituales en nuestra cultura pero la sociedad industrial los ha ido reemplazando por otros  de origen sintético. Ante la globalización, es necesario preservar los conocimientos populares transmitidos de generación en generación, su pérdida implica la pérdida de nuestras señas de identidad y somos responsables de mantener este patrimonio cultural. La investigación en Etnobotánica es un pilar fundamental en la conservación y uso sostenible de la biodiversidad. En este marco cobra significado la recopilación y estudio de plantas útiles y de objetos de origen vegetal.

El espacio expositivo de la Colección Etnobotánica está organizado en función del uso dado al vegetal en diez grandes grupos: alimentación, medicinales, cestería, utensilios de madera, textiles, tintóreas, cosméticas, juguetes, instrumentos musicales y usos culturales.

En el apartado dedicado a la alimentación se incluyen elementos básicos de la dieta, como los cereales o las legumbres, ordenados según el cultivar de origen; también se recopilan muestras botánicas y comerciales de plantas condimentarias y especias. Además, están representadas diversas bebidas, tanto refrescantes como estimulantes (infusiones, licores, te, café, etc.). Las muestras son preferentemente de origen español, pero las hay también americanas, norteafricanas y asiáticas.

En el grupo de las plantas medicinales destacamos por su uso más extendido, el alcohol de romero, el aceite de pericón, la manzanilla de Mahón, el paloduz y el anís estrellado. Junto a muestras de plantas recolectadas in situ se conservan otras comercializadas.

La cestería constituye una de las secciones más amplia y diversa de la colección. Hay canastas de madera, fundamentalmente de castaño, avellano y olivo, otras de tallos herbáceos de trigo, centeno o caña y, por último, de hojas de esparto, palma o enea. Relacionada con la cestería, destaca la sección de cordelería, dedicada a la utilización de plantas para la elaboración de cuerdas y trenzados destinados a construir piezas para el calzado y menaje doméstico. Las piezas recopiladas muestran la evolución histórica de esta práctica: tradicionalmente las plantas cordeleras por excelencia fueron el cáñamo y el esparto. La introducción de plantas americanas, especialmente la pita en el siglo XVIII, modificó los procedimientos de trenzado de cuerdas y aumentó su diversidad. En el siglo XIX nuevas plantas, como la rafia, se incorporaron a este arte. En el siglo XX la introducción de fibras plásticas (nylon), dejó en desuso las prácticas anteriores.

Otro grupo ampliamente representado es el de las maderas. En él se incluyen numerosos utensilios realizados con maderas de una gran diversidad de plantas procedentes de los cinco continentes. Destaca la gran variedad de cucharas, una tabla de lavar, una espadilla y un cardador de lino, un huevo de zurcir calcetines, etc. Los utensilios de origen vegetal están estrechamente vinculados a las actividades agrícolas y ganaderas y, entre los objetos de madera podemos encontrar desde cucharas de boj usadas por los pastores cántabros hasta horquillas empleadas en el acarreo de paja en las planicies cerealistas.

El uso de plantas como materia prima en la elaboración de tejidos está recogido en la colección con algunas muestras botánicas de dichas plantas: algodón, lino, cáñamo, etc. y con ejemplares de las propias fibras y telas. 

Las plantas tintóreas y su manifestación en telas y lanas teñidas constituyen otro de los grandes apartados de la colección. La utilidad del tinte natural ha sido postergada desde la segunda mitad del siglo XIX por las tinturas industriales de síntesis química, pero aún se elaboran piezas artesanales siguiendo las prácticas tradicionales, de las que la colección conserva algunas muestras. Su uso se está incrementando en los últimos años debido a la demanda de productos naturales.

En el grupo de plantas usadas en la cosmética tradicional se hace énfasis en aquellas utilizadas en perfumes, aceites o tintes corporales. Es de destacar por su interés, el grupo de las plantas barrilleras, tradicionalmente empleadas para obtener jabón.

Como juguetes tradicionales hay una representación de distintos continentes, destacando por su cercanía cultural, el tirachinas y la peonza.

En el apartado de instrumentos musicales, la colección cuenta con algunos tradicionales de elaboración sencilla, usando los vegetales propios de cada zona. Por ejemplo, el palo de lluvia de Argentina, las chácaras de la isla de La Gomera o las maracas cubanas.

Dentro de la sección de usos culturales se incluye una amplia representación de plantas usadas como amuletos, objetos de carácter religioso o de carácter ceremonial, así como, productos vegetales empleados en ritos profanos o simplemente como elementos lúdicos.

Además de estos grupos, hay un expositor dedicado a piezas elaboradas con diferentes partes de palmeras. La familia de las palmas es una de las mejor representadas en la colección y de las que el hombre hace un mayor aprovechamiento.